Незважаючи на те, що експлуатаційний дозвіл має необмежений строк дії, його дія може бути тимчасово призупинена.
Якщо в результаті державного аудиту буде виявлено невідповідність потужностей чи їх окремих ліній вимогам законодавства або санітарним нормам, дозвіл на їх експлуатацію призупиняється. Процедурно ця дія оформляється розпорядженням, постановою або іншим розпорядчим документом посадової особи – головним державним інспектором – Держпродспоживслужби.
З моменту призупинення дії дозволу на експлуатацію виробник не має права виготовляти і реалізовувати харчову продукцію на потужностях, вказаних в постанові.
Рішення інспектора може бути оскаржене як в адміністративному, так і в судовому порядку, у випадку незгоди учасника ринку з діями посадової особи.
Відновити дію експлуатаційного дозволу можна також усунувши причини, які стали приводом для його призупинення. Після цього слід звернутися до Держпродспоживслужби в порядку, передбаченому ст.23 Закону №771. В ті ж строки буде здійснена перевірка потужностей (15 днів) і винесено рішення (30 дней) про дозвіл або про відмову.